Régészek becslése szerint Madagaszkár 200 és 500 között települt be, amikor Délkelet-Ázsiából, valószínűleg Borneóból vagy Dél-Celebeszről) tengerjáró népek érkeztek katamaránokon. Ugyanakkor vagy röviddel később érkeztek bantu telepesek a Mozambique-csatornán át.

Az írott történelem a 7. században kezdődik, amikor muszlim kereskedők telepedtek le az északnyugati parton és a malgas nyelvet arab betűkkel (sorabe írás) kezdték írni.

A középkori törzsfőnökök kereskedelmi kapcsolatai elérték Kelet-Afrikát, Közel-Keletet és Indiát. Nagy törzsfőnökségek uralták a sziget számottevő területét.

Az európaiakkal az első kapcsolatfelvétel 1500-ban volt, amikor Diogo Dias portugál kapitány elérte a szigetet, azután, hogy hajója különvált az Indiába tartó flottától. A portugálok kereskedtek a szigetlakókkal, "Sāo Lourenço" (Szent Lőrinc) néven ismerték. 1665-ben Francois Caron, az újonnan alakult Francia Keletindiai Társaság főigazgatója Madagaszkárra vitorlázott. A madagaszkári gyarmatalapítási kísérlet kudarcba fulladt, de a közeli Bourbon (ma Reunion) és Ile-de-France (ma Mauritius) szigeten kikötőt létesítettek. A 17. század vége felé a franciák kereskedelmi állomásokat nyitottak a keleti parton.

1774-től 1824-ig Madagaszkár kalózok, köztük amerikai kalózok vadászterülete volt, akik madagaszkári rizst szállítottak Dél-Karolinába. Sok európai tengerész szenvedett hajótörést a sziget partjainál, köztük Robert Drury, akinek az útleírása a dél-madagaszkári élet jó leírása a 18. századból. Erre az időre esik Benyovszky Móric "királysága".

Az 1790-es évektől kezdve merina uralkodók kiterjesztették hegemóniájukat a sziget legnagyobb részére, beleértve a partvidéket is. 1817-ben a merina uralkodó és Mauritius brit kormányzója megállapodott a rabszolgakereskedelem betiltásáról, amelynek pedig fontos szerepe volt Madagaszkár gazdasági életében. Kárpótlásként a sziget brit katonai és pénzügyi segítséget kapott. A brit befolyás megmaradt a következő évtizedekben is. Akkoriban a merina udvar áttért a kereszténységre, presbiteriánus, kongregacionalista és anglikán vallás terjedt el körükben. A brit haditengerészet az Indiai-óceánon véget vetett az arab rabszolgakereskedelemnek. A merina állam meghódította az addig független törzsi államokat, egyesítette a szigetet.

Franciaország 1883-ban megtámadta Madagaszkárt az első francia-hova háborúban, amely francia állampolgárok elkobzott vagyona miatt tört ki. (A hova a három merina osztály egyike volt. Ezek: andriana - arisztokrácia, hova - köznép, andevo - rabszolgák. A hova szót a franciák hibásan alkalmazták a merinák összességére.) A háború végén Antsiranana (Diego Suarez) várost és északi parton Franciaországhoz csatolták és 560 000 aranyfrank kárpótlást kaptak Joseph-François Lambert örökösei. 1890-ben a britek hivatalosan tudomásul vették a Madagaszkár feletti francia védnökséget.

1895-ben francia hadoszlop szállt partra Mahajangában (Majunga) és a fővárosba, Antananarivóba menetelt. A város védői meglepték őket és visszaverték a támadókat a keleti part közelébe. A második francia-hova háború végéig 20 francia katona halt meg harcban és 6000 maláriában és más betegségekben.

Az ellenségeskedések után a francia parlament Madagaszkár annektálására szavazott 1896-ban. A 103 éves merina monarchia véget ért, a királyi családot Algériába száműzték. 1904 decemberében az orosz balti flotta Antsiranana (Diego Suarez) kikötőjében vételezett szenet és ellátmányt, mielőtt elindult volna végzetes útjára Csuzima felé. Indulás előtt az orosz tengerészeknek a parton kellett hagyniuk az általuk vásárolt állatokat, majmokat, óriáskígyókat és egy krokodilt.

A II. világháború idején madagaszkári katonák harcoltak Franciaországban, Marokkóban és Szíriában. Franciaország megtámadása előtt a németek azt tervezték, hogy valamennyi európai zsidót Madagaszkárra telepítik erővel. Ez a Madagaszkár-terv. De a tervezett akcióra sohasem került sor. Amikor Franciaország vereséget szenvedett Németországtól, Madagaszkárt a Vichy-kormány igazgatta. Az a veszély fenyegetett, hogy Japán tengeralattjáró-támaszpontot létesít a helyi hatóságok jóváhagyásával. Hogy ezt megakadályozzák, brit csapatok hat hónap leforgása alatt elfoglalták a sziget stratégiai jelentőségű pontjait (Ironclad hadművelet), majd átadták azokat a szabad francia haderőnek (Forces françaises libres, FFL).

1947-ben több hónapig tartó nemzeti felkelés tört ki a franciák ellen. Elnyomása során heves harcokban 90 000 ember vesztette életét. 1956-ban a franciák reformokat vezettek be és Madagaszkár békésen haladt a függetlenség felé. 1958. október 14-én kiáltották ki a Malgas Köztársaságot autonóm államként a Francia Közösségen belül. Az ideiglenes kormány időszaka az alkotmány 1959-es elfogadásával és a teljes függetlenség 1960. június 26-i kikiáltásával ért véget.

A függetlenség után évtizedekig Afrika egyetlen jelentősebb szociáldemokrata pártja kormányozta az országot. A politikai harcok parlamentáris keretek között zajlottak.