A pápaszemes pingvin magyar nevét a szemei felett látható csupasz rózsaszín bőrfelületről kapta. Ennek szerepe az állat testhőmérsékletének egyensúlyban tartása: amikor megemelkedik a hőmérséklet, több vér jut ide (a felület ettől még élénkebb színt kap), ami lehűlhet. Egyébként a madár pingvinhez méltóan fekete és fehér. Csőre, lába, szárnyai, farka, háta és arcrésze fekete. A hát feketéje a fejtetőn keresztül a csőrig jut. Az arcrész is fekete, de a csőr két oldalán a szemnél induló, a nyak alján összeérő fehér rész választja el a fejtetőtől. A has fehér, de a széleihez közel lefele nyíló patkó alakban fekete sáv fut benne, ami néha összefolyik a hátfolttal. Az arcról induló, a madár két oldalán végigfutó fehér rész így csak a test alján, a patkó alakú folt végén érintkezhet a fehér hassal. A nemek hasonlóak, bár a hímek némileg nagyobbak, és csőrük is erősebb. A pápaszemes pingvin hossza a 40-60 centiméter között mozog, tömege pedig 2-4 kilogramm.