Az 1991 j�nius�ra ki�rt v�laszt�sokat az �llamvezet�s el�bb 1992 janu�rj�ra halasztotta. Majd amikor a v�laszt�sokat a fundamentalista p�rt (FIS) megnyerte, a hadsereg k�zbel�pett. Kezdet�t vette a majdnem egy �vtizedig tart�, p�ld�tlanul v�res alg�riai polg�rh�bor�. A konfliktus elfajul�s�t k�vet�en a FIS (amelynek sz�mos vezet�j�t �s aktivist�j�t beb�rt�n�zt�k) kifejezetten m�rs�keltebbnek t�nt az iszlamista mozgalom fegyveres sz�rny�t k�pvisel� Group islamique arm�-val (GIA) �sszehasonl�tva. A Chadli Bendjedidet k�vet�, marokk�i sz�m�zet�s�b�l hazat�r�, a f�ggetlens�gi h�bor�ban az FLN oldal�n harcol� Mohammed Boudiafot 1992 nyar�n sz�ls�s�ges fegyveresek agyonl�tt�k, ut�dja Ali Kafi lett. A radik�lis fegyveres csoportok a '90-es �vek v�g�ig retteg�sben tartott�k a civil lakoss�got. L�tsz�lag minden el�jel vagy k�l�n�sebb indok n�lk�l m�sz�roltak le �rtatlan embereket, puszt�n azzal a c�llal, hogy az orsz�g �lete ne t�rhessen vissza a norm�lis ker�kv�g�sba. Ezzel p�rhuzamosan az �llami er�szakszervezetek is sorozatosan k�vett�k el a kih�g�sokat: az iszlamista harcosok f�szk�nek sz�m�t� telep�l�seken tartott rajta�t�sek alkalm�val k�m�letlen�l �s v�logat�s n�lk�l gyilkoltak. Nyugati �s alg�riai ellenz�ki forr�sok szerint az alg�riai hatalom sz�mos b�ntet�t�bort m�k�dtet(ett), ahol letart�ztat�si parancs vagy �t�let n�lk�l tartottak fogva, illetve k�noztak foglyokat. 1993 v�g�re patthelyzet alakult ki. A korm�ny elvesz�tette a n�p bizalm�t. 1994 janu�rj�ban miut�n feloszlatt�k a Legfels�bb �llamtan�csot, Lamine Zerual t�bornokot nevezt�k ki eln�kk�. 1994 elej�n a fundamentalist�k zaklat�sai miatt a k�lf�ldi sz�rmaz�s� lakosok ezrei menek�ltek el az orsz�gb�l, els�sorban Franciaorsz�gba.

Az 1995 novemberi eln�kv�laszt�st az ellenz�k bojkott�lta. A k�vetkez� �vekben az iszl�m fundamentalist�knak a vid�ki lakoss�g ellen elk�vetett v�rengz�sei h�vt�k fel Alg�ri�ra a vil�g figyelm�t.

A '90-es �vek v�g�t�l a polg�rh�bor� el�bb csillapodni l�tszott, majd az alg�riai gazdas�g talpr��ll�s�val v�get �rt. A FIS katonai sz�rnya 2000-ben oszlatta fel mag�t, t�bb militarista a nemzeti megb�k�l�s �rdek�ben amneszti�t kapott. A 2000-es �vtizedben jelent�sen emelked� k�olaj- �s f�ldg�z�rak jelent�sen hozz�j�rultak a nemzetgazdas�g fejl�d�s�hez. Alg�ria egyre fontosabb szerepet j�tszik Eur�pa sz�nhidrog�n-ell�t�s�ban, ennek egyik st�ci�ja az orsz�got Olaszorsz�ggal �sszek�t� g�zvezet�k. (Az orosz "g�zf�gg�s�g" kiv�lt�s�ra vagy ellent�telez�s�re k�z�p-kelet-eur�pai orsz�gokban is rendre felmer�l az alg�riai f�ldg�z ig�nybev�tele.) A rekord�sszeg� sz�nhidrog�n-bev�telek azonban nemcsak a gazdas�g fejl�d�sben, hanem az orsz�got �vtizedek �ta ural� katonai-politikai elit hatalm�nak megszil�rd�t�s�ban is szerepet j�tszanak. Ennek egyik folyom�nyak�nt Alg�ria 2004-t�l kezd�d�en szinte teljes eg�sz�ben moderniz�lta a hadsereg logisztik�j�t.

Az �llamp�rti gy�ker� hatalmi elit a '90-es �vek v�g�t�l gazdas�gi nyit�st is v�grehajtott: az orsz�gba k�lf�ldi befektet�sek �rkeztek, bizonyos v�llalatokat privatiz�ltak. A hatalom szerkezet azonban a '80-as �vek v�ge �ta v�ltozatlan. A v�laszt�sokon rendre a kontinuit�st k�pvisel� p�rtok, �s a stabilit�st �beren �rz� hadsereg bizalm�t b�r� eln�kjel�ltek gy�znek.

M. Abdelaziz Bouteflika �s a 2001. �prilisi v�laszt�sok nyom�n korm�nyt alak�t� Ali Benflis eredm�nyeket �rtek el az iszl�m fundamentalista terrorizmus megf�kez�s�ben, de az Iszl�m Fegyveres Csoport (GIA) akci�it m�g nem siker�lt teljesen felsz�molni.

Az al-K�ida �szak-afrikai sz�rny�nak tulajdon�tott 2007. �prilisi v�res alg�ri mer�nyletek arra utalnak, hogy a radik�lis fegyveres mozgalmak legfeljebb hallgattak a '90-es �vek v�ge �ta, de jelenl�t�kkel tov�bbra is sz�molni kell, �jb�li fell�p�s�k Eur�pa sz�m�ra is biztons�gpolitikai kock�zatokat jelent.